Né en Mauritanie, il passe son enfance au Mali, retourne brièvement dans son pays d'origine, avant de partir étudier à l'Institut d'État du cinéma à Moscou. Il s'installe en France, mais l'Afrique reste au cur de tous ses films.

Ses premiers courts métrages l'ont rapidement fait connaître, notamment Octobre (1993), retraçant la vie d'un étudiant africain au pays des Soviets et offrant ainsi un des rares films d'Afrique noire avec de la neige.

Après deux autres courts métrages, le Chameau et les bâtons flottants (1994) et Sabriya (1997), il réalise son premier long métrage, Rostov-Luanda (1997), puis, avec l'unité fiction d'Arte, la Vie sur Terre (1997), présenté au festival de Cannes dans le cadre de la Quinzaine des réalisateurs, et dont la diffusion en salles a été son plus grand succès critique et public

 Abderrahmane Sissako mêle fiction et documentaire, poésie et politique pour un cinéma parmi les plus mélancoliques en Afrique.

Défenseur de l'afro-optimisme , il sort en mai 2006 Bamako , un film réquisitoire de la socièté civile contre la Banque mondiale et le FMI.

Des personnalités de renom comme Aissata Tall Sall et Danny Glover rivalisent de prouesses dans un tribunal virtuel installé en plein air ou se fait le procés des institutions de Bretton Woods.

Oumou Sangharé signe la chanson de cefilm , qui a obtenu le Grand prix du public des rencontres du festival Paris Cinéma , et le Prix du Film du Conseil de l'Europe , en 2007.

Membre du Jury du Festival du film à Cannes en 2007 ce qui lui a voulu une grande consécration à travers le monde du cinéma.